当寺はもともと山寺三千坊（板倉区）の本山で大甲院と称しました。越後国司の紀窮高（きみのたか）の招請により直江津へ寺基を移します。その後、松平忠輝の高田城転居に伴い現在の地に移りました。『義経記』において、直江津にて義経と弁慶が宿泊したのが当寺の花園観音堂と記されております。